Según la recomendación 24 de la CEH, del 2002 hasta hoy en día, el CIIDH ha tenido una labor activa en la búsqueda de la niñez desaparecida durante el CAI. Junto con 10 organizaciones de sociedad civil, forman la Comisión nacional de búsqueda de niñez desaparecida durante en CAI. CIIDH elaboró una metodología de investigación y gracias a esto se crea una base de datos física y digital de desapariciones forzadas durante el CAI. A partir de esto, se confirma la existencia de niñez desaparecida y se inicia el proceso de investigación para establecer el paradero, y en algunos casos para promover los rencuentros.
A la fecha CIIDH ha logrado realizar más de 100 rencuentros, tanto a nivel nacional como en México y El Salvador. Se localizaron niños desaparecidos durante el CAI que fueron dados en adopción a varios países europeos. Entre los más de 100 rencuentros podemos destacar los de la familia Paau y la familia Jolomna.